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无菌车间又称无菌室。它的要求更高。除了按照洁净室的要求对空气中的微粒进行处理外，还需要对室内空气进行，即在去除生物污染源的同时，还要对室进行检查。对室内空气进行采样培养，消除传染源。医院手术室、血液透析室、品、三类一次性医疗用品的生产需要使用无菌室;但是，浮游细菌和沉降细菌等菌落的数量需要在测试期间进行检测。洁净室净化工程装修标准及解决方案无菌的定义要求没有活的微生物。为了实现无菌车间无活微生物，在无菌车间的产品生产过程中，需要采用各种方法去除产品中原有的微生物，产品被微生物污染。
洁净车间空气净化系统的风流向,分别是水平层流,垂直层流和无序层流.选择应该根据实际的车间来进行选择；十万级洁净车间设计方案的确立,应该以对车间的工作性质等方面进行考虑，如果发尘量大车间，则不宜采用地面形式的送风方式，如果洁净度要求过高,则要远离其他的车间。十万级洁净车间工程设方案十万级洁净车间彩钢板结构和天花装修工程；十万级洁净车间净化通风空调工程；十万级洁净车间照明电气工程；
十万级洁净车间防静电环氧树脂地板工程。十万级洁净车间结构装修要点十万级洁净车间、更衣室内围护隔断和天花采用50mm厚的聚苯乙烯加芯彩钢板，吊顶高度为2.5米。十万级洁净车间内采用铝合金彩钢板单门、双门。人员进入洁净区经过换鞋间、更衣室、缓冲间进入。十万级洁净车间的地面采用防静电环氧树脂地板。无尘车间清洁要求如下:清洁洁净室墙壁时，应使用洁净室无尘布；用90%去离子水和10%异丙醇配制洗涤剂；没有洁净室，就不可能批量生产污染敏感的零件。在FED-STD-2中，洁净室被定义为具有空气过滤、分布、优化、结构材料和设备的房间，具体的规则操作程序控制空气悬浮颗粒的浓度，以达到适当的颗粒清洁度。