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无菌车间又称无菌室。它的要求更高。除了按照洁净室的要求对空气中的微粒进行处理外，还需要对室内空气进行，即在去除生物污染源的同时，还要对室进行检查。对室内空气进行采样培养，消除传染源。医院手术室、血液透析室、品、三类一次性医疗用品的生产需要使用无菌室;但是，浮游细菌和沉降细菌等菌落的数量需要在测试期间进行检测。洁净室净化工程装修标准及解决方案无菌的定义要求没有活的微生物。为了实现无菌车间无活微生物，在无菌车间的产品生产过程中，需要采用各种方法去除产品中原有的微生物，产品被微生物污染。
根据物料性质的不同，管道应有一定坡度。其坡度方向一般为顺介质流动方向(蒸汽管相反)，坡度大小为:蒸汽0.005，水0.003，冷冻盐水0.003，生产废水0.001，蒸汽冷凝水0.003，压缩空气0.004，清净下水0.005，一般气体与易流动液体0.005，含固体结晶或黏度较大的物料0.01。管道通过人行道时，离地面高度不少于2m；通过公路时不小于4.5m；通过工厂主要交通干道时一般应为5m。长距离输送蒸汽的管道，在一定距离处应安装冷凝水排除装置，长距离输送液化气体的管道，在一定距离处应安装垂直向上的膨胀器。
十万级无尘车间对温度、湿度没有特殊要求时，冬季温度一般控制在冬季20—22℃；夏季温度一般控制在24—26℃；允许波动的范围是±2℃。而冬季洁净室湿度控制在30—50％，夏季无尘车间湿度控制在50—70％。
非单向流主要是靠送入的洁净空气来冲淡与稀释室内、区内的污染物以维持其洁净度。因此，换气次数越大，气流流型合理，稀释效果越显著，洁净度也相应提高。所以非单相流洁净室、洁净区的送风量及相应的换气次数，是主要关注的气流测试项目。为了获得可重复的读数，记录各测点风速的时间平均值。换气次数:根据洁净室总风量除以法净室的容积求得。洁净室或洁净设施温、湿度测定，通常分为两个档次:一般测试和综合测试。个档次适用于处于空态的交竣验收测试，第二个档次适用于静态或动态的综合性能测试。这类测试适用于对温度、湿度性能要求比较严格的场合。