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由于每种工艺制程设备的发热量大不相同，导致洁净室内的机台发热量分布不均匀。例如炉管机台的发热量相较于其他设备大得多(基本在3-5倍之间)，因此在洁净室内用干盘管DCC带走这些热量。通常要求同一制程的气流经过同一组DCC，在建筑已经确定的情况下，制程的分布要与回风道垂直。如果条件允许，好是将不同制程的区域隔开，这样既可避免金属粒子污染，又能提高温湿度控制的稳定性。通常情况下， 洁净室的温湿度控制在22±2℃，45±5%RH，MAU 的送风温度基本控制在21℃-21.5℃，在与循环风混合后，FFU
以无生命微粒的控制为对象。主要控制空气尘埃微粒对工作对象的污染，内部一般保持正压状态。它适用于精密机械工业、电子工业（半导体、集成电路等）宇航工业、高纯度化学工业、原子能工业、光磁产品工业（光盘、胶片、磁带生产）LCD（液晶玻璃）、电脑硬盘、电脑磁头生产等多行业。
洁净室的污染源可分为外污染源及内污染源:外污染源主要包括空调送风、 间隙渗入、建筑物、工作服、风管材料以及一般性气体等;内污染源则包括制程 设备、工作人员、工具、隔间材料、工作桌、加工材料等，其对生产环境的污染净化工程:控制室内空气悬浮粒子的浓度，对室内温度、湿度、压力等按技术要求进行控制;洁净厂房墙壁和顶棚的表面应按要求达到平整、光滑、不 起尘，避免眩光，便于除尘，并减少凹凸面;洁净室地面平整、耐磨、易清洗， 不易积聚静电，避免眩光，不开裂;施工要求对结构、风管制作环境洁净度要求 高;人流、物流的控制严格。
室内测试人员穿洁净服，不得超过2人，应位于测试点下风侧并远离测试点，并应保持静止。进行换点操作时动作要轻，应减少人员对室内洁净度的干扰。在单向流区域，所选择的采样探头应接近等动力采样，进入采样探头的风速与被采空气的风速偏差不应超过20%。若无法做到这一点，将采样口正对气流的主方向。非单向流的采样点，采样口应竖直向上。采样点一般离地面0.8-1.2m左右，要均匀科学布点，而且要避开回风口。对小洁净室或部空气净化区域，采样点的数目都不得少于2个，总采样数可根据面积开2次根求得。