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由于每种工艺制程设备的发热量大不相同，导致洁净室内的机台发热量分布不均匀。例如炉管机台的发热量相较于其他设备大得多(基本在3-5倍之间)，因此在洁净室内用干盘管DCC带走这些热量。通常要求同一制程的气流经过同一组DCC，在建筑已经确定的情况下，制程的分布要与回风道垂直。如果条件允许，好是将不同制程的区域隔开，这样既可避免金属粒子污染，又能提高温湿度控制的稳定性。通常情况下， 洁净室的温湿度控制在22±2℃，45±5%RH，MAU 的送风温度基本控制在21℃-21.5℃，在与循环风混合后，FFU
紫外线照射:在每次使用无菌室前进行。紫外线有较好的杀菌效果。通常应开启紫外线灯照射30～60min。每次使用前开启紫外线灯照射30min以上，或在使用前30min，对内外室用5%石炭酸喷雾。用肥皂洗手后，把所需器材搬入外室；在外室换上已灭菌的WORK服、工作帽和工作鞋，戴好口罩，然后用2%煤酚皂液将手浸洗2分钟。室内的空气净化体系可分为水平层流，笔直层流和乱流，挑选气流方法一则参照常规，二则取决于房间的作业参数。
为便于安装、检修及操作，一般管道多用明线敷设，且价格较暗线便宜。管道应成列平行敷设，尽量走直线，少拐弯，少交叉。明线敷设管子尽量沿墙或柱安装，应避开门、窗、梁和设备，应避免通过电动机、仪表盘、配电盘上方。操作阀高度一般为0.8~1.5m，取样阀1m左右，压力表、温度计1.6m左右，阀为2.2 m，并列管路上的阀门、管件应错开安装。管道上应适当配置一些活接头或法兰，以便于安装、检修。管道成直角拐弯时，可用一端堵塞的三通代替，以便清理或添设支管。
乱流洁净室也叫非单向流洁净室，非单向流洁净室的原理是靠洁净送风气流扩散、混合、不断稀释室内空气，把室内污染逐渐排出，达到平衡。简言之，非单向流洁净室的原理就是稀释作用。 特点:乱流洁净室是靠多次换气来实现洁净与洁净级别。换气次数决定定义中的净化级别（换气次数越多，净化级别越高）。